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婴幼儿肝炎既往常认为绝大多数是由乙型肝炎病毒引起。特别在我国人群中乙肝病毒的携带率很高，主要通过母亲垂直传播给婴儿。
1983-1988年解放军302医院重点研究了这个课题。发现121例婴儿肝炎综合征的患儿已找到的病因中巨细胞病毒（CMV）是罪魁祸首，查出巨细胞病毒抗体免疫球蛋白 M 阳性者62例，占51．2％（62／121）；而乙肝病毒是第二位，占 34.7％（42／121）；其次是EB病毒，占4.13％（5／121）；甲型肝炎病毒则很少，只占1．6％（2／121）；其它病因是：细菌性败血症4例、母乳性黄疸2例、肝组织神经磷脂病1例；胆汁黏调综合征、先天性胆管闭锁、卡氏肺囊虫病合并巨细胞病毒感染各1例，均由尸解证实。这说明婴儿肝炎综合征中以病毒感染最多见，占已知病因的91．7％，但风疹病毒检测43例中无1 例阳性。
1996年广州市儿童医院报道了16例临床和病理诊断一致的婴儿肝炎综合征，其中14例用酶联免疫吸附测定（ELISA）法检测多种病毒，并采用聚合酶链反应（PCR）法检测CMV脱氧核糖核酸，结果发现本组主要病因也是CMV 感染，占56.3％，其余为甲肝病毒及EB病毒。
婴儿肝炎综合征中双重感染者22例，其中巨细胞病毒与乙肝病毒合并感染者 15例；巨细胞病毒与 EB病毒，巨细脏病毒与甲肝病毒，乙肝病毒与EB病毒感染各2例，还有1例是巨细胞病毒合并卡氏肺囊虫感染。
婴儿肝炎综合征的半数患儿有佝偻病，患病的内因可能是先天不足。另外婴儿患病人院后多数有肺炎、贫血、消化不良、营养不良、鹅目疮、中耳炎等并发症。并发症的严重程度常是影响婴儿肝炎预后的相关因素。
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