妊娠期患了菌痢，用药要慎之又慎。在妊娠早期，要避免使用妨碍胚胎发育的药物，如磺胺增效剂(TMP)；在妊娠后期，则容易出现肾脏损害，应避免使用庆大霉素及丁胺卡那霉素。在整个妊娠过程中，应慎用喹诺酮类药物如氟哌酸、氟嗪酸等，因该类药物对正常发育的胚胎胎芽及中枢神经系统有损害。 那么，妊娠期安全而有效的抗痢药物有哪些呢？应首推黄连素、乳酸菌素片及痢特灵，但这些药物仅对轻型病例有效。如病情严重，可选用氨苄青霉素、第三代头孢霉素。
此外，妊娠期患菌痢时，由于频繁腹泻、下坠，不仅可导致营养缺乏，而且可致腹压增高，刺激子宫则易引起流产或早产。因此，除应尽快控制症状外，必须绝对卧床休息，增加营养，尽可能平卧排便，避免蹲便或站立过久。