口腔溃疡可因食物刺激产生疼痛，给工作和生活造成影响。在溃疡愈合期间，如果用药控制可以促进愈合。另外，治疗还能延长间隔时间，减少复发次数。 口腔溃疡的病因比较复杂，许多不相同的病因，引起了相同的口腔溃疡表现。临床上常根据不同诱因，分别作出治疗，以达到治愈目的。在家庭中也应考虑口腔溃疡的病因，总结治疗经验，或在医生指导下获得治疗效果。
口服维生素B／C可增进机体的抵抗力，有助于溃疡愈合。疼痛明显，溃疡较多，间歇期较短的可试用左旋咪唑，转移因子或胸腺素等免疫调节药物治疗，亦可使用糖皮质激素，如强的松治疗。此外，全身其他治疗也很重要，如给与镇静，安眠，调节神经及消化道功能的药物。发病时应避免吃刺激性食物，最好戒烟，酒等。
在溃疡上涂擦止痛、消炎的药物，可防止继发感染，减轻症状。如用5％金霉素鱼肝油糊剂；l％氯化可的松或强的松糊剂；中成药如冰硼散，锡类散，养阴生肌散等，均可选择使用。但不宜用石炭酸类或硝酸银烧灼溃疡，以免损伤健康的组织。