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性传播疾病简称STD的病原体包括所有的医学微生物范围。其主要包括以下几个方面：
衣原体：沙眼衣原体D－K型，可引起非淋菌性尿道炎。沙眼衣原体通过性接触而传播，可引起临床的病症有：宫颈炎、输卵管炎、新生儿结膜炎、肺炎、不育症和反应性关节炎。
支原体：解脲支原体，也是非淋菌性尿道炎的主要病因。
细菌：多种细菌均可经性行为而传播，主要有以下3种：
(1)淋病双球菌:是淋病的病原体
(2)肠道杆菌:通过口接触传播
(3)布氏杆菌：通过性交
真菌：其中白色念珠菌，可引起生殖器念珠菌病。
螺旋体：其中苍白螺旋体是梅毒的病原体。
原虫：其中阴道毛滴虫可致生殖器滴虫病。
寄生虫：其中疥虫可导致疥疮；阴虱可导致阴虱病。
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