但由颅内病变或颅深部病变引起的头痛，头痛的部位与病变部位就不一定完全相符了。如小脑幕上病变引起的头痛，位于额颞部，且往往两侧都痛；而小脑幕下病变引起的头痛，则在后枕部。因感染或出血引起脑膜炎时，则全头都痛，说不出具体的部位，且疼痛也剧烈。因此，正确的诉说头痛的部位，对于疾病的诊断有很重要的意义。