(1)急性化脓性胆管炎。肝胆管结石并发急性梗阻性化脓性胆管炎时，不论结石梗阻在何部位，皆可出现毒血症和感染性休克，并导致肝、肾、肺、心、脑等多脏器功能衰竭。
(2)肝脓肿及支气管胆瘘。在反复发作的急性梗阻性化脓性胆管炎的基础上可形成肝脓肿，其临床症状与急性化脓性胆管炎相似。当脓肿穿破至肺，则形成支气管胆瘘，临床表现为咳嗽咯脓，此时重症感染症状会很快减轻。
(3)胆道出血。当反复的炎症侵蚀导致胆管与相邻血管相通时可发生胆道出血。临床表现为周期性消化道出血、腹痛、发热等。
(4)肝胆管狭窄。肝胆管结石常导致胆管壁反复的炎症损伤及修复，最终使胆管纤维化性狭窄。
(5)胆汁性肝硬变与门脉高压症。弥漫性肝内胆管结石可逐步导致胆汁性肝硬变，并进一步引起门脉高压症。
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