首先，在中国肝炎病毒携带者大多起始于幼龄期，特别是母婴传播，幼龄感染是一个极为不利的因素。研究发现，幼龄感染者中90％可以发展为慢性肝炎，其中又有40％可以发展为肝硬化，而成人感染者只有5％转为慢性肝炎，其中有15－20％会发展为肝硬化，可见，幼龄感染是肝炎治疗的难点之一。 其次，免疫耐受状态和疾病谱的多样性是难以攻破的堡垒。肝炎病毒时入体内会刺激体内的免疫系统对之产生识别———“清除”的过程，但对于很多人来讲，肝炎病毒时入体内后，机体对之不能产生抗体，“清除”这一过程不能发生，医学上称为免疫耐受状态，研究发现。幼龄感染者多维持长时间免疫耐受状态，另外，肝炎病毒感染的疾病谱是多样的，不同的疾病谱感染的程度及肝脏中病毒的含量各不相同，这也增加了治
疗的复杂性。
另外，传统的检测方法不能测定肝炎病毒在体内的含量及复制情况，传染程度、患者服用哪一类抗病毒药物才是对症，如果盲目给患者用药，将造成因个体差异，使用药品不对症而引起的治疗失败、病情延误。