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肛瘘能转变成癌症。肛瘘合并肛门直肠癌的病例近年来不断增多。
早在1936 ～ 1955年，Mark 医院曾发现肛瘘并有直肠胶样癌 8 例 ; 1966年Heidenreich综合欧美文献，肛瘘并有肛门直肠癌者131例，多数是粘液腺癌;1981年日本大肠癌研究会统计，日本全国已发现的肛瘘癌变，肛瘘持续5年以上者95例,10年以上者80例。 粘液腺癌占大多数，一般认为癌变与长期慢性炎症的刺激有关。硬结形成，粘液分泌及疼痛常为癌变的先兆。10 年以上者癌变率较高，值得人们引起高度的重视。由此，积极治疗肛瘘，可以预防直肠癌的发生。
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