中国现有药用植物约250种，分属菊科、豆科等80余科。其中既有大量的草本植物，又有众多的木本植物、藤本植物、蕨类植物和低等植物菌藻类，而且种植方式和利用部位各不相同。因此，药用植物的种植分类方法亦多种多样。可依照植物科属、生态习性、自然分布分类，也可按照种植方式、利用部位或性能功效的不同来分类。一般常依照其药用部位或性能功效的不同进行分类。现简介如下：
　　（一）按药用部位不同分类
　　药用植物的营养器官（根、茎、叶）、生殖器官（花、果实、种子）以及全株均可加工人药。按其不同入药部位，可分为8大类：
　　1．根与根茎类 其药用部位为地下根茎、鳞茎、球茎、块茎和块根等，如人参、三七、大黄、当归、地黄、川芎、甘草、附子、麦冬、云木香、黄芪、党参、白术、白芷、黄连、天麻、延胡索、贝母、丹参、牛膝、巴戟天、北沙参、板蓝根、西洋参、太子参、玄参、郁金、黄芩、柴胡、桔梗、半夏、紫菀、明党参、射干、百合、知母、玉竹、白芍、姜、泽泻和山药等。
　　2．全草类 其药用部位为植物的茎叶或全株，如穿心莲、细辛、广藿香、薄荷、荆芥、泽兰、肾茶、紫苏和紫花地丁等。
　　3．叶用类 其药用部位为植物的叶，如毛花洋地黄和古柯等。
　　4．花类 其药用部位为植物的花、花蕾或花柱，如金银花、款冬、番红花、红花、洋金花、菊花和辛夷等。
　　5．果实及种子类 其药用部位为成熟或未成熟的果皮、果肉或果核、种仁，如栝楼、山茱萸、木瓜、五味子、酸橙、酸枣仁、枸杞、砂仁、使君子、罗汉果、补骨脂、水飞蓟和葫芦巴等。
　　6．皮类 其药用部位为树皮或根皮，如金鸡纳、杜仲、厚朴、肉桂、地骨皮、黄柏和牡丹皮等。
　　7．树脂和乳汁类 有安息香与罂粟等。
　　8.真菌类 为药用真菌，如灵芝、茯苓、银耳、猴头菌等。
　　（二）按中药性能功能不同分类
　　中药由于含有多种复杂的有机、无机化学成分，所以决定了每种中药材具有一种或多种性能和功效。按其不同的性能功效，可分如下11类：
1．解表药类 凡能疏解肌表，促使发汗，用以发散表邪、解除表症的中药材，称解表药。如麻黄、防风、细辛、薄荷、菊花、柴胡等。
2．泻下药类 凡能引起腹泻或利胃肠，促进排便的中药材，称泻下药。如大黄、番泻叶、火麻仁、郁李仁等。
3．清热药类 凡以清解里热为主要作用的中药材，称清热药。如知母、栀子、玄参、黄连、金银花、决明子、地骨皮等。
4．化痰止咳药类 凡能清除痰涎或减轻和制止咳嗽、气喘的中药材，称化痰止咳药。
如半夏、贝母、杏仁、桔梗、枇杷叶等。
5.利水渗湿药类 凡以通利水道、渗除水湿为主要功效的中药材，称利水渗湿药。如茯苓、泽泻、金钱草、海金沙、石苇等。
6．祛风湿药类 凡能祛除肌肉、经络、筋骨的风湿之邪，解除痹痛为主要作用的中药材，称祛风湿药。如木瓜、秦艽、威灵仙。、风藤、络石藤、徐长卿等。
7．安神药类 凡以镇静安神为主要功效的中药材，称安神药。如酸枣仁、夜交藤、远志、柏子仁等。
8．活血化淤药类 凡以通行血脉、消散淤血为主要作用的中药材，称活血化淤药。如鸡血藤、丹参、川芎、红花、益母草、牛膝等。
9．止血药类 凡具有制止体外出血作用的中药材，称止血药。如三七、仙鹤草、地榆、小蓟、白茅根、断血流等。
10．补益药类 凡能补益人体气血阴阳不足，改善衰弱状态，以治疗各种虚症的中药材，称补益药。如人参、西洋参、党参、黄芪、白术、补骨脂、当归、沙参、女贞子等。
11．治痛药类 凡用于试治癌症，并有一定疗效的中药材，称治癌药。如长春花、茜草、白英、白花蛇舌草、天葵等。